La loutre peut surtout être confondue avec d'autres espèces semi-aquatiques telles que le castor, le rat musqué ou le ragondin, en particulier lorsqu'elle nage. Cependant, grâce à leurs caractéristiques physiques, il est très facile de distinguer ces quatre espèces les unes des autres (voir le tableau).

En termes de taille, la loutre peut certes rivaliser avec le castor, mais, comme la plupart des mustélidés, elle présente une morphologie profilée et allongée qui se distingue nettement de l'apparence compacte et plutôt arrondie du castor, mais aussi des autres rongeurs tels que le rat musqué et le ragondin. Cela se reflète également dans son poids : un castor pèse beaucoup plus lourd.

Chez la loutre également, la queue est conçue pour offrir de bonnes propriétés hydrodynamiques, ce qui en fait une chasseuse rapide et agile dans l’eau : la base de la queue est musclée et elle se termine en pointe. Chez le castor, en revanche, la queue est aplatie en forme de pelle, qui lui sert notamment de gouvernail.

Le corps de la loutre est profilé (à gauche, © Stéphane Raimond), tandis que celui du castor semble plutôt compact et arrondi (à droite, © Sarah Hummel)