Le Conseil de fondation édicte les statuts et les règlements de l'institution. Il est en outre chargé de l'élection des membres et de la définition des compétences du Conseil scientifique, de la nomination et du contrôle des activités du directeur, de l'approbation du rapport d'activités, du programme d'activités, des comptes et du budget annuels.
Il est composé représentants de l'Université et de la ville de Neuchâtel ainsi que de la Conférence des délégués à la protection de la nature et du paysage (CDPNP) et de l'Académie Suisse des Sciences Naturelles (SCNAT):
- Président: Prof. Dr. Felix Kessler, Professeur à l’institut de biologie de l’Université de Neuchâtel et Vice-recteur recherche - Représentant de l’Université de Neuchâtel
- Vice-présidente: Madame Ursina Wiedmer, biologiste, directrice du département protection de la nature au service cantonal paysage et nature du Canton de Zurich - Représentante de la Conférence des délégué∙e∙s à la protection de la nature et du paysage (CDPNP/KBNL).
- Prof. Dr. Etienne Piguet, professeur à l'institut de géographie - Représentant de l’Université de Neuchâtel.
- Monsieur Ludovic Maggioni, directeur du musée d’histoire naturelle de Neuchâtel - Représentant de la Ville de Neuchâtel
- Monsieur Blaise Mulhauser, directeur du Jardin botanique de Neuchâtel
- Monsieur Yann Clavien, biologiste, chef de la Section nature et paysage du SFNP du Canton de Valais - Représentant de la Conférence des délégué∙e∙s à la protection de la nature et du paysage (CDPNP/KBNL)
- Monsieur Lukas Berger, chef du Forum Biodiversité Suisse - Représentant de l’Académie Suisse des Sciences Naturelles