Outre les éboulis, les affleurements rocheux et les rochers bien ensoleillés font aussi partie des habitats de prédilection des reptiles. Ces deux milieux sont souvent combinés, contrairement aux éboulis. On rencontre sporadiquement des rochers et des affleurements rocheux sur le plateau, majoritairement sous forme de grès ou de conglomérats. Les sols peu profonds ou carrément dépourvus de litière de ces milieux ainsi que le climat particulièrement chaud et sec ne permettent qu’une végétation éparse. Outre le karst, on trouve également dans ce type d’habitats des roches calcaires et de silicates, notamment dans les sites anthropogènes tels que les carrières. Contrairement aux éboulis, les affleurements rocheux ne sont pas toujours riches en cachettes. Les pierres sont souvent très compactes et offrent peu d’abris pour les reptiles.
Le lézard des murailles est un habitant caractéristique de ces milieux rocheux. Suivant les régions et l’altitude, on peut également trouver toutes les autres espèces de lézards et ainsi que l’orvet. Parmi les serpents, on y trouve souvent la coronelle lisse. Si ces habitats offrent suffisamment de cachettes, on peut également y trouver toutes les autres espèces de serpents.
Pour les reptiles, les affleurements rocheux doivent idéalement être orientés entre le sud-est et le sud-ouest. Souvent plats ou légèrement pentus, ces sites karstiques (comme dans le Jura ou dans les Alpes) sont des sites de grandes tailles et importants pour les reptiles. Ici aussi les sols peu profonds limitent la flore à une végétation éparse et les animaux y trouvent des fentes et des cavités grâce au phénomène de l’érosion, lesquelles forment de précieuses cachettes et des quartiers d’hivernage. Les habitants typiques des régions karstiques dépendent des régions et de l’altitude, mais sont surtout le lézard vivipare et la vipère péliade, mais aussi la coronelle lisse et la vipère aspic. Du point de vue des amphibiens, les rochers et les affleurements rocheux ne sont pas très intéressants mis à part pour la salamandre noire et la salamandre tachetée qui peuvent y vivre périodiquement. Pour les crapauds accoucheurs présents dans la région, ces milieux peuvent offrir quelques zones de frais.
Les carrières, tout comme les affleurements rocheux sont particulièrement intéressantes pour les reptiles, même si les roches sont instables car elles offrent de nombreuses cachettes.